کتاب صوتی مدل‌سازی حلقه‌ها در بیوانفورماتیک ساختاری

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره مدل‌سازی حلقه‌ها در بیوانفورماتیک ساختاری

موضوع کلی: بیوانفورماتیک ساختاری

موضوع میانی: مدل‌سازی مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک ساختاری و مدل‌سازی مولکولی
• 2. اهمیت مدل‌سازی حلقه‌ها در پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 3. بررسی ساختار حلقه‌ها و ویژگی‌های آن‌ها
• 4. پایگاه‌های داده ساختاری پروتئین‌ها و حلقه‌ها (PDB، SCOP، CATH)
• 5. روش‌های جستجوی ساختارهای مشابه برای حلقه‌ها
• 6. هم‌ترازی ساختاری حلقه‌ها
• 7. روش‌های مبتنی بر دانش برای مدل‌سازی حلقه‌ها
• 8. استفاده از الگوهای حلقه‌ای موجود
• 9. روش‌های مبتنی بر انرژی برای مدل‌سازی حلقه‌ها
• 10. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برای اصلاح مدل‌های حلقه‌ای
• 11. ارزیابی کیفیت مدل‌های حلقه‌ای
• 12. آزمایش‌های اعتبارسنجی مدل‌های حلقه‌ای
• 13. نقش محدودیت‌های تجربی در مدل‌سازی حلقه‌ها (NMR، cross-linking)
• 14. مدل‌سازی حلقه‌ها در پروتئین‌های غشایی
• 15. مدل‌سازی حلقه‌ها در کمپلکس‌های پروتئین-پروتئین
• 16. ابزارهای نرم‌افزاری رایج برای مدل‌سازی حلقه‌ها (Modeller، Rosetta، I-TASSER)
• 17. کاربرد مدل‌سازی حلقه‌ها در طراحی دارو
• 18. پیش‌بینی اثرات جهش بر ساختار و عملکرد حلقه‌ها
• 19. تحلیل پایداری و انعطاف‌پذیری حلقه‌ها
• 20. روش‌های پیشرفته مدل‌سازی حلقه‌ها (loop closure، ab initio)
• 21. بهینه‌سازی حلقه‌ها با استفاده از الگوریتم‌های تکاملی
• 22. مدل‌سازی حلقه‌های کوتاه در مقابل حلقه‌های بلند
• 23. مدل‌سازی حلقه‌ها در پروتئین‌های بدون ساختار مشخص
• 24. استفاده از یادگیری ماشین در مدل‌سازی حلقه‌ها
• 25. روش‌های ترکیبی مدل‌سازی حلقه‌ها
• 26. چالش‌ها و محدودیت‌های مدل‌سازی حلقه‌ها
• 27. آینده مدل‌سازی حلقه‌ها در بیوانفورماتیک ساختاری
• 28. تحلیل حساسیت مدل‌های حلقه‌ای به پارامترهای ورودی
• 29. ارائه یک مطالعه موردی: مدل‌سازی حلقه در یک پروتئین خاص