فلش‌کارت‌های آموزشی جامع ژنومیک ساختاری و مدل‌سازی پیشرفته پروتئین

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره جامع ژنومیک ساختاری و مدل‌سازی پیشرفته پروتئین

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی ساختاری

موضوع میانی: ژنومیک ساختاری و مدل‌سازی پروتئین

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی و مفاهیم پایه در ژنومیک ساختاری و ساختار پروتئین‌ها
• 2. آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) و استخراج اطلاعات ساختاری
• 3. اصول سطوح مختلف ساختار پروتئین (اولیه، ثانویه، سوم و چهارم)
• 4. روش‌های تجربی تعیین ساختار پروتئین (بلورنگرافی اشعه ایکس، میکروسکوپ الکترونی و NMR)
• 5. مقدمه‌ای بر مدل‌سازی محاسباتی و پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 6. مدل‌سازی همولوژی (Homology Modeling) و مراحل گام‌به‌گام آن
• 7. شناسایی الگوهای توالی و هم‌ردیفی توالی‌های پروتئینی (Sequence Alignment)
• 8. انتخاب قالب مناسب (Template Selection) در مدل‌سازی همولوژی
• 9. مدل‌سازی بر اساس تردد (Threading) و تشخیص چین‌خوردگی
• 10. روش‌های ابنیه ساختاری (Ab Initio / De Novo Modeling)
• 11. استفاده از هوش مصنوعی و یادگیری عمیق در پیش‌بینی ساختار پروتئین (AlphaFold و ابزارهای مشابه)
• 12. ارزیابی کیفیت مدل‌های پروتئینی ساخته‌شده (Model Validation)
• 13. بررسی کیفیت استریوشیمیایی ساختار با استفاده از نمودار راماچامدرن (Ramachandran Plot)
• 14. انرژی‌سنجی و بهینه‌سازی ساختاری (Energy Minimization)
• 15. شناسایی نواحی انعطاف‌پذیر و لوپ‌ها در پروتئین‌ها
• 16. پیش‌بینی ساختار دوم پروتئین با استفاده از روش‌های یادگیری ماشین
• 17. پیش‌بینی جایگاه اتصال لیگاند و سایت‌های فعال در مدل‌های پروتئینی
• 18. داکینگ مولکولی (Molecular Docking) و برهم‌کنش پروتئین-پروتئین
• 19. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics) برای تحلیل پایداری ساختار
• 20. بررسی اثر جهش‌های ژنتیکی بر ساختار و پایداری پروتئین
• 21. ژنومیک ساختاری در کشف دارو و طراحی داروهای مبتنی بر ساختار
• 22. مدل‌سازی پروتیین‌های غشایی و چالش‌های خاص آن‌ها
• 23. تحلیل دامنه‌های پروتئینی (Protein Domains) و تحول ساختاری
• 24. کاربرد روش‌های توان‌بالا (High-Throughput) در ژنومیک ساختاری
• 25. مدیریت و تحلیل پایگاه داده‌های کلان ساختاری
• 26. مستندسازی و مصورسازی پیشرفته ساختار پروتئین‌ها با نرم‌افزارهای تخصصی
• 27. مطالعه موردی: مدل‌سازی و تحلیل ساختاری یک پروتئین هدف دارویی از صفر تا صد