فلش‌کارت‌های آموزشی پایپ‌لاین کامل RNA-Seq با ابزارهای متن‌باز

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره پایپ‌لاین کامل RNA-Seq با ابزارهای متن‌باز

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر توالی‌یابی RNA (RNA-Seq)
• 2. اصول بیولوژیکی پشت RNA-Seq
• 3. طراحی آزمایش RNA-Seq
• 4. تهیه کتابخانه RNA-Seq
• 5. کنترل کیفیت نمونه‌های RNA
• 6. دستگاه‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS)
• 7. فرمت‌های فایل‌های خروجی RNA-Seq
• 8. پیش‌پردازش داده‌های RNA-Seq: حذف آداپتورها
• 9. ارزیابی کیفیت داده‌های توالی‌یابی
• 10. تطبیق (Mapping) داده‌های RNA-Seq به ژنوم مرجع
• 11. نرم‌افزارهای تطبیق رایج (Bowtie, STAR)
• 12. مقایسه الگوریتم‌های تطبیق
• 13. تعداد خوانش‌ها (Read Counts) و نرمال‌سازی
• 14. روش‌های نرمال‌سازی داده‌های RNA-Seq (RPKM, FPKM, TPM)
• 15. تحلیل بیان ژن‌های افتراقی (Differential Gene Expression Analysis)
• 16. بسته‌های نرم‌افزاری تحلیل بیان ژن (DESeq2, edgeR)
• 17. تصحیح چندآزمونی (Multiple Testing Correction)
• 18. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت
• 19. تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیکی (Pathway Analysis)
• 20. غنی‌سازی ژنی (Gene Enrichment Analysis)
• 21. نرم‌افزارهای تحلیل مسیر (GOseq, KEGG)
• 22. تجسم داده‌های RNA-Seq
• 23. استفاده از Heatmaps برای نمایش بیان ژن
• 24. نمایش داده‌ها با استفاده از نمودارهای پراکندگی (Scatter Plots)
• 25. نمایش داده‌ها با استفاده از نمودارهای جعبه‌ای (Box Plots)
• 26. تحلیل بیان ژن در انواع مختلف سلول
• 27. شناسایی ایزوفورم‌های جایگزین (Alternative Splicing)
• 28. تحلیل بیان ژن در پاسخ به درمان
• 29. RNA-Seq در تشخیص بیماری‌ها
• 30. RNA-Seq در کشف نشانگرهای زیستی (Biomarkers)
• 31. تحلیل RNA-Seq در مقایسه با میکروآرایه (Microarray)
• 32. مزایا و معایب RNA-Seq
• 33. انتخاب نرم‌افزارهای مناسب برای تحلیل RNA-Seq
• 34. نکات کلیدی در تفسیر نتایج RNA-Seq
• 35. مدیریت داده‌های حجیم RNA-Seq
• 36. بهینه‌سازی مصرف منابع محاسباتی
• 37. کار با خط فرمان (Command Line) در تحلیل RNA-Seq
• 38. اسکریپت‌نویسی برای خودکارسازی فرآیندها
• 39. آشنایی با زبان برنامه‌نویسی R برای تحلیل RNA-Seq
• 40. تحلیل RNA-Seq با استفاده از پایپ‌لاین‌های آماده
• 41. پایپ‌لاین‌های متن‌باز RNA-Seq (Snakemake, Nextflow)
• 42. توسعه پایپ‌لاین‌های سفارشی RNA-Seq
• 43. کنترل نسخه داده‌ها و اسکریپت‌ها (Version Control)
• 44. مستندسازی کامل فرآیند تحلیل RNA-Seq
• 45. به اشتراک‌گذاری داده‌ها و نتایج RNA-Seq
• 46. استانداردهای حداقل اطلاعات برای RNA-Seq (Minimum Information About RNA-Seq - MI RNA-Seq)
• 47. تحلیل RNA-Seq تک‌سلولی (Single-Cell RNA-Seq)
• 48. چالش‌های تحلیل RNA-Seq تک‌سلولی
• 49. روش‌های کاهش ابعاد در تحلیل RNA-Seq تک‌سلولی (PCA, t-SNE, UMAP)
• 50. خوشه‌بندی سلول‌ها در تحلیل RNA-Seq تک‌سلولی
• 51. شناسایی انواع سلول در تحلیل RNA-Seq تک‌سلولی
• 52. تحلیل RNA-Seq فضایی (Spatial RNA-Seq)
• 53. کاربردهای RNA-Seq فضایی
• 54. ادغام داده‌های RNA-Seq با سایر داده‌های اومیکس (Omics)
• 55. تحلیل یکپارچه داده‌های RNA-Seq و پروتئومیکس (Proteomics)
• 56. تحلیل یکپارچه داده‌های RNA-Seq و ژنومیکس (Genomics)
• 57. به روز رسانی دانش در زمینه RNA-Seq
• 58. منابع آموزشی و پایگاه‌های داده RNA-Seq
• 59. آینده RNA-Seq و فناوری‌های مرتبط