فلش‌کارت‌های آموزشی مبانی محاسباتی و الگوریتم‌های پردازش توالی‌های DNA در علوم زیستی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره مبانی محاسباتی و الگوریتم‌های پردازش توالی‌های DNA در علوم زیستی

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین محاسباتی

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی زیست‌شناسی مولکولی برای متخصصان علوم رایانه
• 2. ساختار اسیدهای نوکلئیک و الفبای توالی‌های زیستی
• 3. آشنایی با فرمت‌های استاندارد ذخیره‌سازی داده‌های توالی‌سنجی
• 4. معماری سیستم‌های توالی‌سنجی نسل جدید و خروجی‌های خام
• 5. الگوریتم‌های پیش‌پردازش و کنترل کیفیت داده‌های توالی‌سنجی
• 6. روش‌های حذف نویز و فیلتر کردن خوانش‌های با کیفیت پایین
• 7. مفاهیم پایه در تراز کردن توالی‌ها و فضای جستجو
• 8. الگوریتم‌های تطبیق دقیق رشته‌ها در داده‌های حجیم زیستی
• 9. پیاده‌سازی الگوریتم‌های جستجوی مبتنی بر درختی
• 10. تکنیک‌های مبتنی بر هش برای مکان‌یابی سریع الگوها
• 11. الگوریتم‌های برنامه‌نویسی پویا در تراز کردن توالی‌ها
• 12. تراز کردن سراسری با الگوریتم نیدلمن-وانش
• 13. تراز کردن محلی با الگوریتم اسمیت-واترمن
• 14. مدل‌سازی ماتریس‌های امتیازدهی برای جایگزینی نوکلئوتیدها
• 15. بهینه‌سازی حافظه در الگوریتم‌های تراز کردن توالی
• 16. مقدمه‌ای بر ساختار داده‌های فشرده در بیوانفورماتیک
• 17. ساختار داده‌های پسوند درخت و آرایه پسوندی
• 18. الگوریتم تبدیل باروز-ویلر و کاربرد آن در فشرده‌سازی توالی‌ها
• 19. ساختار داده اف‌ام‌ایندکس برای جستجوی کارآمد در ژنوم
• 20. تراز کردن خوانش‌ها به مرجع با استفاده از اف‌ام‌ایندکس
• 21. مدیریت عدم تطابق‌ها و شکاف‌ها در تراز کردن
• 22. الگوریتم‌های نگاشت خوانش‌ها به ژنوم مرجع
• 23. روش‌های تحلیل و شناسایی واریانت‌های ژنتیکی
• 24. الگوریتم‌های فراخوانی ژنوتیپ و تشخیص جهش‌های نقطه‌ای
• 25. پردازش داده‌های توالی‌یابی آران‌ای و تحلیل بیان ژن
• 26. مقدمه‌ای بر سرهم‌بندی ژنوم‌های جدید (Assembly)
• 27. الگوریتم‌های مبتنی بر گراف هم‌پوشانی-چیدمان-اجماع
• 28. الگوریتم‌های مبتنی بر گراف دبروین برای سرهم‌بندی
• 29. چالش‌های محاسباتی در حل گره‌های گراف دبروین
• 30. روش‌های ارزیابی کیفیت سرهم‌بندی ژنوم
• 31. تحلیل توالی‌های تکراری و پیچیدگی‌های ساختاری ژنوم
• 32. کاربردهای بیوانفورماتیک در پزشکی شخصی‌سازی‌شده و تشخیص بیماری‌ها
• 33. اخلاق حرفه‌ای در مدیریت داده‌های ژنتیکی و حریم خصوصی بیمار
• 34. الگوریتم‌های تحلیل تنوع زیستی در جمعیت‌های انسانی
• 35. ابزارهای متن‌باز و کتابخانه‌های استاندارد در بیوانفورماتیک
• 36. اتصال خط لوله‌های پردازشی با استفاده از ابزارهای مدیریت گردش کار
• 37. مستندسازی و تکرارپذیری در تحلیل‌های محاسباتی ژنومیک
• 38. پروژه‌های عملی: تحلیل یک مجموعه داده توالی‌سنجی واقعی
• 39. بهینه‌سازی محاسبات توالی‌سنجی با استفاده از پردازش موازی
• 40. آینده فناوری‌های توالی‌سنجی و چالش‌های محاسباتی نوظهور