فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) در تحقیقات پزشکی و کشاورزی پیشرفته

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) در تحقیقات پزشکی و کشاورزی پیشرفته

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و ژنتیک مولکولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی ژنتیک مولکولی و ساختار اسیدهای نوکلئیک
• 2. اصول توالی‌یابی نسل اول و سیر تکامل فناوری‌های تعیین توالی
• 3. مفاهیم پایه در توالی‌یابی نسل جدید و پلتفرم‌های رایج
• 4. معماری سیستم‌های توالی‌یابی Illumina و اصول شیمیایی آن
• 5. آشنایی با فناوری‌های توالی‌یابی طولانی‌خوان (Long-read sequencing)
• 6. مدیریت و استانداردهای آزمایشگاهی در آماده‌سازی کتابخانه توالی‌یابی
• 7. کیفیت‌سنجی فایل‌های خام توالی‌یابی با استفاده از FastQC
• 8. پیش‌پردازش داده‌ها و حذف آداپتورها و توالی‌های کم‌کیفیت
• 9. آشنایی با محیط خط فرمان لینوکس برای تحلیل داده‌های بیوانفورماتیک
• 10. اصول نگاشت توالی‌ها به ژنوم مرجع (Alignment)
• 11. الگوریتم‌های مورد استفاده در تراز کردن توالی‌ها
• 12. کاربرد نرم‌افزار BWA در نگاشت توالی‌های کوتاه
• 13. مدیریت فایل‌های SAM و BAM و دستورات Samtools
• 14. شناسایی تنوع‌های ژنتیکی تک‌نوکلئوتیدی (SNP Calling)
• 15. شناسایی ایندل‌ها و تغییرات ساختاری در ژنوم
• 16. فیلتر کردن و ارزیابی کیفیت واریانت‌های شناسایی شده با GATK
• 17. تحلیل بیان ژن با استفاده از داده‌های RNA-Seq
• 18. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن و روش‌های آماری تحلیل آن
• 19. شناسایی ژن‌های با بیان افتراقی (Differential Gene Expression)
• 20. تحلیل خوشه‌ای و بصری‌سازی داده‌های بیان ژن
• 21. آشنایی با پایگاه‌های داده ژنومی و ابزارهای جستجوی توالی
• 22. تحلیل‌های عملکردی و غنی‌سازی مسیرهای زیستی (GO and Pathway Analysis)
• 23. کاربرد NGS در شناسایی جهش‌های مرتبط با بیماری‌های ژنتیکی انسانی
• 24. روش‌های تحلیل اگزوم (WES) در تشخیص بیماری‌های نادر
• 25. بررسی اپی‌ژنتیک و تحلیل داده‌های ChIP-Seq
• 26. شناسایی جایگاه‌های اتصال پروتئین به DNA
• 27. کاربردهای توالی‌یابی در اصلاح نژاد گیاهان و محصولات کشاورزی
• 28. تحلیل تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های گیاهی با استفاده از GBS
• 29. متاژنومیکس و بررسی تنوع میکروبی در محیط‌های کشاورزی
• 30. کاربرد توالی‌یابی در شناسایی پاتوژن‌های گیاهی و دامی
• 31. اصول طراحی پرایمر و پنل‌های توالی‌یابی هدفمند
• 32. مدیریت داده‌های حجیم ژنومی و ذخیره‌سازی ابری
• 33. اخلاق در پژوهش‌های ژنتیکی و رعایت حریم خصوصی داده‌های زیستی
• 34. یکپارچه‌سازی داده‌های امیکس برای درک بهتر سیستم‌های زیستی
• 35. گزارش‌نویسی و تفسیر نتایج تحلیلی برای کاربردهای بالینی و زراعی
• 36. چالش‌های محاسباتی در پردازش داده‌های توالی‌یابی نسل جدید
• 37. آینده فناوری‌های توالی‌یابی و پزشکی دقیق (Precision Medicine)