فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل و خوشه‌بندی داده‌های بیان ژن تک‌سلولی با استفاده از نرم‌افزار Seurat

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل و خوشه‌بندی داده‌های بیان ژن تک‌سلولی با استفاده از نرم‌افزار Seurat

موضوع کلی: زیست‌فناوری و علوم داده‌های زیستی (Bioinformatics)

موضوع میانی: تحلیل داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی (scRNA-Seq)

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. آشنایی با مفاهیم پایه توالی‌یابی تک‌سلولی و اهمیت آن در زیست‌شناسی
• 2. معرفی پلتفرم نرم‌افزاری Seurat و کاربردهای آن در تحلیل داده‌های Omics
• 3. نصب و راه‌اندازی محیط برنامه‌نویسی R و کتابخانه Seurat
• 4. ساختار داده‌های تک‌سلولی و فرمت‌های استاندارد ورودی
• 5. آشنایی با شیء Seurat و مدیریت داده‌های بیان ژن
• 6. روش‌های کنترل کیفیت داده‌ها و حذف سلول‌های با کیفیت پایین
• 7. فیلتر کردن ژن‌های با بیان کم و حذف نویزهای بیولوژیکی
• 8. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن برای حذف اثرات فنی
• 9. شناسایی ژن‌های با تغییرات بالا برای تحلیل‌های پایین‌دستی
• 10. مقیایس‌پذیری داده‌ها و حذف اثرات مزاحم ناشی از چرخه‌های سلولی
• 11. کاهش ابعاد داده‌ها با استفاده از تحلیل مؤلفه‌های اصلی PCA
• 12. تعیین تعداد مؤلفه‌های اصلی بهینه برای تحلیل خوشه‌بندی
• 13. الگوریتم‌های خوشه‌بندی مبتنی بر گراف در Seurat
• 14. تنظیم پارامتر رزولوشن برای شناسایی خوشه‌های سلولی
• 15. تصویرسازی خوشه‌ها با استفاده از الگوریتم t-SNE
• 16. تصویرسازی خوشه‌ها با استفاده از الگوریتم UMAP
• 17. مبانی شناسایی ژن‌های نشانگر اختصاصی هر خوشه
• 18. روش‌های آماری برای تشخیص ژن‌های با بیان متفاوت میان خوشه‌ها
• 19. تصویرسازی ژن‌های نشانگر با استفاده از نمودارهای ویولن
• 20. تصویرسازی ژن‌های نشانگر با استفاده از نمودارهای نقطه ای و هیت‌مپ
• 21. تفسیر بیولوژیکی خوشه‌ها بر اساس پروفایل بیان ژن
• 22. ادغام داده‌های حاصل از آزمایش‌های مختلف با استفاده از روش Anchor
• 23. تصحیح اثرات دسته‌ای در داده‌های تک‌سلولی
• 24. آنالیز زیرخوشه‌ها برای شناسایی ناهمگنی‌های دقیق‌تر
• 25. کاربرد تحلیل مسیر و غنی‌سازی عملکردی در خوشه‌های شناسایی‌شده
• 26. استفاده از ابزارهای بصری‌سازی تعاملی در محیط R
• 27. مدیریت حافظه در تحلیل داده‌های حجیم تک‌سلولی
• 28. روش‌های ذخیره‌سازی و فراخوانی پروژه‌های تحلیل شده
• 29. ارائه گزارش نهایی از تحلیل داده‌های بیان ژن تک‌سلولی
• 30. اخلاق در پژوهش‌های زیست‌فناوری و صیانت از داده‌های ژنتیکی انسانی