اپلیکیشن اندرویدی فلش‌کارت آموزشی پیش‌بینی ساختار پروتئین برای طراحی داروهای نوین

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره پیش‌بینی ساختار پروتئین برای طراحی داروهای نوین

موضوع کلی: زیست‌شناسی محاسباتی و داروهای کامپیوتری

موضوع میانی: پیش‌بینی ساختار پروتئین و طراحی دارو

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر پروتئین‌ها و ساختار آن‌ها
• 2. اهمیت ساختار پروتئین در طراحی دارو
• 3. روش‌های تجربی تعیین ساختار پروتئین (X-ray، NMR، Cryo-EM)
• 4. مفاهیم ترمودینامیکی در تاخوردن پروتئین
• 5. انرژی آزاد و پایدارترین ساختار پروتئین
• 6. معرفی پایگاه‌های داده ساختار پروتئین (PDB، AlphaFold Database)
• 7. روش‌های همولوژي مدل‌سازی (Homology Modeling)
• 8. انتخاب تمپلیت مناسب برای همولوژي مدل‌سازی
• 9. ساخت مدل سه بعدی پروتئین با استفاده از همولوژي
• 10. ارزیابی کیفیت مدل‌های همولوژي
• 11. روش‌های تاشو‌شناسی (Threading)
• 12. معرفی الگوریتم‌های تاشو‌شناسی
• 13. ارزیابی نتایج تاشو‌شناسی
• 14. پیش‌بینی ساختار پروتئین با استفاده از روش‌های de novo
• 15. معرفی الگوریتم‌های de novo
• 16. ارزیابی کیفیت مدل‌های de novo
• 17. روش‌های پیش‌بینی ساختار پروتئین مبتنی بر یادگیری ماشین
• 18. شبکه‌های عصبی و پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 19. معرفی AlphaFold و عملکرد آن
• 20. پیش‌بینی ساختار پروتئین با استفاده از RoseTTAFold
• 21. تحلیل ساختار پروتئین پیش‌بینی شده
• 22. شناسایی نواحی اتصال دارو در ساختار پروتئین
• 23. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) برای بررسی پایداری ساختار
• 24. روش‌های docking مولکولی برای پیش‌بینی اتصال دارو
• 25. ارزیابی نتایج docking مولکولی
• 26. بهینه‌سازی ساختار دارو بر اساس ساختار پروتئین
• 27. طراحی داروهای مبتنی بر ساختار با استفاده از روش‌های محاسباتی
• 28. نقش پیش‌بینی ساختار پروتئین در کشف داروهای جدید
• 29. مطالعه موردی: طراحی دارو برای یک هدف پروتئینی خاص
• 30. مقدمه‌ای بر فارماکوفور (Pharmacophore)
• 31. شناسایی فارماکوفور از ساختار پروتئین
• 32. استفاده از فارماکوفور در طراحی دارو
• 33. روش‌های virtual screening برای یافتن مولکول‌های فعال
• 34. ارزیابی نتایج virtual screening
• 35. تحلیل ساختار-فعالیت (SAR)
• 36. تأثیر جهش‌های پروتئینی بر اتصال دارو
• 37. پیش‌بینی اثرات جهش بر ساختار پروتئین
• 38. مطالعه موارد موفق پیش‌بینی ساختار پروتئین در طراحی دارو
• 39. چالش‌ها و محدودیت‌های پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 40. آینده پیش‌بینی ساختار پروتئین و طراحی دارو
• 41. استفاده از هوش مصنوعی در پیش‌بینی ساختار و طراحی دارو
• 42. روش‌های اعتبارسنجی مدل‌های پیش‌بینی شده
• 43. کاربرد پیش‌بینی ساختار پروتئین در ایمونوتراپی
• 44. تأثیر پیش‌بینی ساختار پروتئین بر توسعه واکسن
• 45. استفاده از پیش‌بینی ساختار پروتئین در مهندسی پروتئین